世界各地接连出现神秘海怪毁坏商船事件，引发恐慌，传言海洋面临 灾难。潜艇阿力决定集结伙伴追踪“海怪”，却发现“海怪”是 一 艘 以 “环保”为借口来开展邪恶计划的科技潜艇。为了解开这些 谜团，阿力和朋友们利用所学知识，开始了海底两万里的漫游探险。

小潜艇阿力前往海底深处执行任务，遭遇史无前例的意外事件。小鲨鱼梅莎拒绝成为爸爸独眼鲨那样鱼见鱼怕的海底霸王，内心幻想成为小潜艇阿力一样的海底英雄。她无意之中得到的神秘宝盒，却把爸爸独眼鲨变回了童年的模样。当宝盒离奇失踪后，海底游乐场惊现神秘大怪物……